Biserica cu hramurile „Pogorârea Sf. Duh” şi "Sf. Treime" este construită din piatră şi cărămidă, cu plan treflat, iar naosul este separat de pronaos printr-un perete susţinut de doi stâlpi octogonali.
În 1940 a suferit puternice stricăciuni din cauza cutremului şi se pare că turla a fost refăcută în afara celor două baze vechi, cea pătrată şi cea octogonală, care sunt ridicate de la inceput.
Ctitorul mânăstirii Bogdana, mort în anul 1680, este înmormântat în biserică într-o nişă împodobită din zidul de miazăzi al pronaosului, iar piatra de mormânt are următoarea inscripţie: " Aici zace evlaviosul ctitor al acestui Sfânt lăcaş, milostivirea sa Solomon Bîrlădeanu, mare logofăt. A răposat în zilele evlaviosului Ioan Antonie Voievod în anul 7188 de la facerea lumii, iar de la întrupare 1680, luna martie".
În biserica mânăstirii mai sunt două morminte, dintre care unul este al căpitanului Matei Lepădatu, iar cel de-al doilea, lângă uşa bisericii, este al logofătului Ioan Cantacuzino.