S-au continuat cercetările în cele două secțiuni din turnul 11 trasate în anul 2012 cu scopul de a se identifica paramentul interior al turnului. S-a continuat cercetarea și zona blocului de clădiri de la latura de nord-est obținându-se o secvență importantă din planul zonei estice a cetății.

S-au realizat cercetări sistematice ăn sectorul Port deschizându-se două secțiuni care urmărea relația dintre fortificație și instalația portuară. Au continuat cercetările în sectorul Turnul 11.

S-au desfășurat cercetări arheologice sistematice în sectoarele turnul 11 și strada SP care oferea accesul spre Dunăre. S-au trasat șapte secțiuni între edificiile din interior şi accesul spre poarta de nord-est şi turnul nr. 2.

S-a realizat cartarea tumulilor din Peninsula Dunăvățului. În punctul Ghiolul Petrii a fost înregistrată o aşezare medievală timpurie (GP1-3), aflată în proximitatea unei foste ferme, astăzi într-o stare avansată de degradare. Î n apropierea Movilei Duna, la stânga şoselei Murighiol-Mahmudia, a fost cartată una dintre carierele romane din care se extrăgea piatra folosită la construirea incintei cetăţii de la Halmyris2. Pe malul de V al Sărăturii Beibugeac, a fost identificată o aşezare romană târzie.

S-a desfășurat o supraveghere arheologică în imediata zonă a fortificației romane, pe traseul unui cablu care pornește din zona cabanei de lână fortificație și merge 400 metri V, până la un promontoriu stâncos situat pe malul unui vechi canal de irigații. S-a cercetat locuirea extramurană descoperindu-se un material arheologic variat și numeros.

S-au cercetat turnul XII și curtina de nord a incintei romano-bizantine. Turnul este în formă de U, având axul central orientat E-V și latura de front orientată spre V. S-au identificat opt niveluri de călcare.

S-a continuat cercetarea celor trei cazărmi din sectorul de nord-vest al cetății.

S-au cercetat un bloc de clădiri adosate incintei cât și complexului Domus 2, un grup de clădiri adosate basilicii episcopale spre est și termelor spre vest. S-a continuat cercetarea celor trei cazărmi din sectorul de nord-vest al cetății.

Cercetările s-au desfășurat în sectoarele Poarta de Vest, sectorul cazărmi de pe latura de vest, sectorul Domus, Thermae I și basilica episcopală. În sectorul Poarta de Vest s-au realizat secțiuni transversale de adâncime fectuate în arealul zwingerului rotund al porţii au străpuns drumul de limes care pătrunde în cetate şi care, în acest loc, marchează în acelaşi timp şi începutul arterei orientate EV (decumanus maximus). În sectorul cazărmi de pe latura de nord-vest au fost identificate două clădiri din piatră legată cu pământ galben, adosate zidului de incintă, considerate cu titlu provizoriu barăci militare. Clădirile au fost notate convenţional B 1 şi B 2. Investigarea edificiului denumit convenţional Domus Nord, situat în spatele porţii de N a fortificaţiei, a început în campania 2001. Destinaţia cea mai probabilă a acestui edificiu (care include şi poarta de N), ridicat la sfârşitul secolului al III-lea, este cea de corp de gardă. În secolul al VI-lea au fost adăugate anexele din partea de S şi a fost compartimentată încăperea cea mare printr-un zid orientat N - S. Blocarea accesului în termă tot în sec. al VI-lea sugerează modificarea funcţiei edificiului. Ultima fază a cercetărilor din sectorul Thermae I a avut ca scop evidenţierea sistemului de scurgere şi a extensiunii acestuia. Cum orientarea celor două bazine de apă caldă aparţinând de caldarium şi a celui de apă rece ţinând de frigidarium era cunoscută prin săpăturile din anii precedenţi, sistemul de drenaj a părut relativ uşor de localizat la cca. -0,25 -0,30 m sub solul antic. Au fost puse în evidenţă două tronsoane principale de drenaj, care prezintă asemănări frapante în tehnica de construcţie. Ambele tronsoane sunt late de cca. 0,60 m. Pigmentaţia cu cărămidă pisată apare ca o caracteristică în ambele cazuri. În sectorul basilica episcopală s-au deschis secțiuni în nava nordică, orientată N-S, în spațiul dintre altar și ambulatorium, orientată tot N-S, în exteriorul criptei, în naos și o secțiune de adâncime pentru sondarea arealului central. S-a constatat că, anterior construcţiei bisericii, terenul ocupat de structuri timpurii romane care aparţineau castrului de sec. II-III (aşa cum indică urmele de zid demantelat din T 4) a fost complet excavat şi nivelat apoi, prin aducerea unei cantităţi importante de pământ luat din gropi de împrumut din afara cetăţii, în care erau amestecate materiale arheologice greceşti şi getice autohtone. Au fost reluate cercetările și în marele edificiu II.

Cercetarea s-a desfășurat în perimetrul unui mare edificiu situat în sfertul de NV al cetății, între praetorium și zidul de incintă. S-a degajat și latura de N și jumătatea laturii de V a bastionului nordic al Porții de Vest în vederea conservării și restaurării.

Cercetările s-audesfășurat în Insula I, mai exact extinderea spre nord a arealului investigat din cadrul Insulei I. Rezultatele campaniei din 2000 au dus la identificarea unei basilici de mari dimensiuni având în vedere lăţimea ei, identificată în întregime, împreună cu anexele şi în comparaţie cu suprafaţa fortificată. De asemenea au fost puse în evidenţă primele elemente ale reţelei stradale atât în legătură cu cardo maximus, cât şi cu bazilica. Aceasta se dovedeşte a fi fost înconjurată de străzi de o lăţime apreciabilă şi de cardo maximus şi prin aceasta apare ca un edificiu care trebuie să fi fost important prin funcţionalitatea şi monumentalitatea sa în cadrul comunităţii cetăţii.