Din biserica de secol XIV-XV din Scărişoara, din cea mai veche etapă de construcţie se mai păstrează doar pivniţa din colţul NE al incintei, şi arcul din interior al intrării. Planul vechii biserici nu poate fi precizat datorită construcţiilor ulterioare ce i s-au suprapus, dar după urmele descoperite pare să fi fost un monument de plan dreptunghiular, a căror lungime trecea de 20 m .
În perioada de construcţie a sec. XV – faza II, au fost ridicate primele ziduri de incintă şi beciul de suprafaţă alăturat celuilalt. Sondajele confirmă de asemeni vechimea părţii inferioare a beciului din partea de nord-est. Etapei de sf. sec. XVI se pot atribui cele mai vechi urme de zidărie descoperite în colţul de sud-est al ansamblului. Bisericii refăcute în acest secol i se mai vad astăzi fundaţiile la sud de actualul lăcaş.
În sec. XVII - faza III, de construcţie au fost refăcute incinta care a fost înălţată, prevăzută cu trei turnuri, modificări ale caselor egumeneşti, vechile beciuri au fost boltite cu incaperi la etaj si un foisor precum şi copr de chilii pe latura vestică. La încep. sec. XVIII – faza IV de constructie se realizează zidul de sprijin şi inaltarea turnului clopotniţă.

Biserica actuală a fost definitivată ca formă la sf. sec. XVIII, când lucrările din această perioadă au adus modiificări şi completări ansamblului monastic, definindu-i caracteristicile pe care le-a păstrat şi azi.

Între construcţiile din vremea lui Matei Basarab cercetările arheologice ne permit încadrarea zidului de incintă dinspre sud, în apropierea căruia a fost ridicat cel modern şi prima etapa a construcţiilor de pe latura estică.

Biserica Bolniţă era situată la vest de incintăa dispărut. Biserica a dispărut la sf. sec. XIX din cauza deplasarilor de teren.