Pe o suprafaţă întinsă, tumuli de diverse mărimi şi epoci se găsesc aşezaţi unii lângă alţii, uneori unii peste alţii, adăpostind numeroase morminte. Tumulii se întind pe o suprafaţă de peste 5 km. Zona de concentrare maximă a lor se găseşte în partea de Nord a culoarului care leagă Lacurile Istria şi Sinoie, dar şi în partea de Sud a acestuia, pe teritoriul din preajma ruinelor Histriei. Limitele reale ale necropolei nu pot fi precizate astăzi. S-a observat că în culoarul dintre Lacurile Istria şi Sinoe se află sub nivelul mediu al apelor tumuli puternic erodaţi. Tumulii situaţi în imediata apropiere a lacurilor sunt periodic inundaţi în sezoanele ploioase. Necropola se împarte în două, astfel:
Necropola de Nord
Jumătatea sudică a plajei lacului Sinoe este ocupată de tumuli deşi şi numeroşi, de înălţime mică, care continuă şi pe plaja lacului Istria. Pe limita dintre plaja lacului Sinoe şi aceea a lacului Istria se găseşte o coamă înaltă şi prelunga, care se întinde de la marginea platoului peninsulei necropole până la Apa lacului. Această coamă observată încă de Pamfil Polonic în 1913, acoperă pe traseul său o serie de movile funerare. Platoul peninsulei necropolei cuprinde cea mai mare parte dintre tumuli. El se prezintă ca o suprafaţă aproximativ netedă, uşor înclinată către VNV, punctul de maximă altitudine fiind la marginea lui răsăriteană. Pe platou se găsesc tumuli de diverse mărimi, constituind grupuri. Movilele cele mai înalte sunt în grupul din sudul platoului.
Necropola de Vest
Această necropolă cuprinde: 1. Porţiunea inundabilă de la Sud de canalul dintre Lacurile Istria şi Sinoe, întinzându-se şi la Vest de platou, cuprinde tumuli de înălţime mică. 2. Tumulii situaţi pe un întins aliniament, care începe la marginea de sud vest a platoului şi continuă mai mult de 1 km pe direcţia SV. Acestea sunt movile de înălţime redusă, puternic erodate. Este posibil ca acest aliniamente să jaloneze unul dintre drumurile care legau Histria cu centrele urbane şi rurale din sud. 3.Tumuli situaţi pe platou mai puţin numeroşi, de înălţime medie.

Zona sacră este aşezată pe nucleul de stâncă din estul cetăţii. Cele mai vechi amenajări din perimetru Zonei Sacre sunt mai greu de identificat în teren, ele fiind reprezentate de altare, vetre, bothroi – în număr de patru, de mică adâncime. Ceramica descoperită în aceşti bothroi datează din ultimul sfert al secolului al VII-lea şi începutului secolului al VI-lea a. Chr. De asemenea a fost identificată şi o fază a construcţiilor de lemn, anterioare celor de piatră. Au fost descoperite ţigle şi teracote, precum şi a gropilor săpate în stâncă, destinate implantării stâlpilor de susţinere a structurilor de lemn. Marea fosă sacră este remarcabilă prin dimensiunile sale impresionante, măsurând circa 5 m adâncime şi 8 m în diametru.
Fazei construcţiilor de lemn îi urmează cea a construcţiilor de piatră de la mijlocul secolului al VI-lea a. Chr. În rândul acestora se încadrează templul Afroditei, cel al lui Zeus şi presupusul templu al lui Apollo.
Templul Afroditei se compune dintr-un naos, un pronaos, şi un prostyle. Acesta a fost instalat pe un podium fără stilobat. Templul lui Zeus, cunoscut şi ca Templul A, este situat la limita septentrională a zonei sacre, în apropierea templului A’ (probabil dedicat zeului Apollo). Acesta se compune din adyton, naos, pronaos, fiind ridicat pe un podium.
Templul A’ este situate la extremitatea de Nord-Est a zonei sacre, parallel cu templul lui Zeus. Acest temple s-a păstrat parţial.

O descriere extinsă a monumentelor descoperite în această zonă, însoţită de un catalog al artefactelor înregistrate în acest spaţiu şi de ilustraţie bogată pot fi consultate în monografia Histria VII, semnată de Petre Alexandrescu (2005).

Deşi cetatea arhaică are o suprafaţă de aproximativ 60 de ha, de-a lungul cercetărilor nu au fost descoperite dovezi ale locuirii decât în Zona Sacră grecească, situată pe nucleul de stâncă din estul cetăţii, pe platoul din vestul ei şi la nord de acesta.
În zona cunoscuta sub numele de „platou”, poziţionată în partea de Vest a cetăţii Histria, au fost descoperite urme consistente de locuire arhaică. În acest spaţiu s-a constatat că densitatea depunerilor stratificate pe parcursul a opt secole (din secolul al VII-lea a. Chr. şi până în secolul al II-lea p. Chr.-când terenul a început să fie folosit ca necropolă) diferă. Între 1955-1960 au fost efectuate cercetări arheologice în trei sectoare:
1.Sectorul S, în partea de Sud a Platoului
2.Sectorul X, în partea de Nord-Vest a platoului, cuprinzând secţiunile X/1956, XS/1958, XNV, XV, XVI, XNV „câmpie”, şi X/1960.
3.Sectorul Z, în centrul platoului.
Depunerile sunt mult mai bogate în partea de Nord-Vest a actualului platou. Aşezarea arhaică extra-muros are ca limită spre Vest şi Sud limita platoului, în timp ce în Nord aşezarea continuă sub nivelul lacului Sinoe.

O descriere extinsă săpăturilor şi materialelor arhaice descoperite pe platou poate fi consultată în monografia de sit Histria II, 1966 (vezi capitolul semnat de Suzana Dimitriu, pp. 21-131).

La aproximativ 3 m spre vest de cuptoarele elenistice F. 1 şi F. 5, a apărut un şanţ orientat aproximativ nord-sud, de peste 1 m lăţime, umplut cu nisip fin şi acoperit cu fragmente de dale de calcar galben. Şanţul de fundaţie al zidului de calcar suprapune patul de aşteptare al unui zid anterior (KK) ce avea o lăţime de minimum 0,80 m. Acesta din urmă era realizat din bucăţi de calcar şi şist verde, deasupra cărora se păstrau resturi de chirpici ars – provenind probabil din suprastructura sa. Acest zid din piatră de şist verde şi calcar este ceea ce se mai conservă din partea interioară a fundaţiei zidului de incintă arhaic. Conform observaţiilor de pe teren, soclul pe care era aşezat zidul avea o lăţime de peste 3 m, dar nu a mai fost surprins decât amprenta acestuia din urmă şi câteva blocuri de şist rămase in situ. Demantelarea acestui zid a fost urmată de o umplere a şanţului rezultat, cu un amestec de sfărâmătură de calcar şi lut galben curat. În nivelul cu arsură, care marchează distrugerea zidului arhaic, s-au descoperit câteva mici fragmente dintr-o cupă florală (databilă spre 510 - 500 a. Chr.), ceea ce confirmă momentul distrugerii zidului arhaic la sfârşitul secolului VI a. Chr.

Maria Coja a realizat 13 sondaje şi săpături în suprafaţă cu scopul de a determina traseul zidului de incintă clasic. Astfel, începând cu anul 1955, în sectorul Z2 din centrul Platoului din Vestul cetăţii, s-a constatat existenţa unui zid de mari dimensiuni, construit din piatră de şist verde local. Continuarea săpăturilor din acest sector a adus concluzii importante: s-a stabilit că acest masiv de zidărie reprezintă fundaţia unui zid de incintă aşezat direct pe nisipul marin cochilifer. Orientarea sa este nord-sud, iar faţa sa este pe frontul de vest. Pe tronsonul cel mai bine conservat, zidul se păstrează până la o înălţime de 0,70 m şi are o grosime de 1,40 m. Spre Est a fost constatată prezenţa unui alt masiv de zidărie, realizat în aceeaşi tehnică constructivă. Această din urmă parte a zidului este mai joasă cu 0,20-0,25 m şi are o lăţime de 1,20 m. Cele două corpuri de zidărie constituie o singură structură, a cărei lăţime atinge în total 2,60 m51. În unele locuri, zidul prezintă o schimbare de plan.
Datarea ieşirii din funcţiune a acestui monument se bazează în principal pe faptul că în dărâmătura sa a fost descoperită o monedă Filip al II-lea, ceea ce permite precizarea momentului dezafectării lui în cea de a doua jumătate a secolului al IV-lea a. Chr.
Din punct de vedere stratigrafic, zidul de incintă clasic suprapune cel puţin un nivel de locuire arhaică, documentat prin existenţa unor locuinţe şi datat pe baza ceramicii descoperite în sec. VI a. Chr. Pe de altă parte, în secţiunile S1-S3 au fost înregistrate trei nivele elenistice care suprapun acest zid. Cel mai vechi dintre acestea este aşezat pe stratul de dărâmătură, gros de 0,90 – 1,10 m şi conţine materialul ceramic din secolul IV a. Chr. Pe nivelul corespunzător perioadei de funcţionare a zidului de incintă a fost descoperită o ştampilă de amforă, databilă la sfârşitul sec V a. Chr. Rezultă că zidul a fost construit ulterior secolului al VI-lea şi distrus în sec. IV a. Chr., chiar la începutul epocii elenistice. El pare să fi funcţionat în sec. V a. Chr. şi cea mai mare parte a sec. IV a. Chr. Datele stratigrafice determină datarea acestei construcţii în primul sfert al sec. V a. Chr. şi distrugerea sa fie în a doua jumătate a sec. IV a. Chr., cu ocazia expediţiei lui Filip al II lea împotriva sciţilor conduşi de regele Ateas în 339 (ipoteză Maria Coja), fie în 313, ca urmare a revoltei oraşelor pontice împotriva lui Lysimach.

Până în 1949 la Histria era cunoscută incinta romană târzie, descoperită în 1914 şi degajată de Vasile Pârvan, şi zidul de apărare din epoca romană timpurie care se află la aproape 400 m spre Vest de incinta cea mare. Abia în anii 1950-1954 a fost descoperit zidul de apărare elenistic.
În 1950, o mare secţiune care tăia cetatea de la Est spre Vest a surprins în cuprinsul valului III din faţa zidului cel mare, la o depărtare de cca 80 m spre Vest de acesta, urmele unei incite necunoscute până atunci, care datează din epoca elenistică. În campaniile de săpături din 1950-1954 s-a urmărit dezvelirea completă a acestui zid. Pe parcursul cercetărilor s-a constatat că în unele locuri zidul se întrerupe.
Traseul acestei incinte coincide, aproape pe toată lungimea ei, cu partea adâncită a valului III din faţa cetăţii din secolele VI-VII a. Chr. S-a presupus că nevoia de adâncire a valului ar fi cauzat anumite distrugeri incintei elenistice. Zidul elenistic a putut fi degajat şi urmărit de la Nord spre Sud pe o lungime de 150 m. Orientarea sa este N-S, fiind paralel cu celelalte incinte ale oraşului. Zidul se situează la o depărtare de 80 m spre Vest de incinta mare şi cca. 300 m spre Est de cea de pe platoul vestic al cetăţii.
Zidul, datat la finalul secolului al IV-lea a. Chr., a fost construit din material de natură calcaroasă, cu excepţia emplectonului, unde s-au folosit pietre de şist verde local. Incinta apare trunchiată, având un traseu variat şi fiind realizată prin tehnici constructive diverse. Se presupune că partea de est din sectorul de nord ar fi cel mai vechi. A doua fază este reprezentată de sectorul de zid cu complexul porţii, care este mai puţin unitar decât precedentul, dar mai bine lucrat. Faza a treia, situată în prelungire spre sud, este cea mai unitară şi bine conservată. Faza următoare, a patra, este păstrată precar. Aceasta a fost datată în cea de-a doua jumătate a secolului al II-lea a. Chr.

Incinta cea mare a fost cercetată pentru prima dată de către Vasile Pârvan încă din anul 1914 printr-o tranşee de-a lungul zidului şi reprezintă ultima restrângere a cetăţii pe vechiul promontoriu stâncos. Începând din 1921 au început să fie ridicate dărâmăturile din faţa curtinelor şi turnurilor. Finalizarea acestei lucrări a avut loc după moartea lui Vasile Pârvan. Totuşi, în aceste prime campanii, zidul nu a fost degajat de dărâmături şi în interior, cu excepţia zonei de la poarta principală spre Sud, până la terme. Abia după 1949 s-a continuat degajarea lor.
Incinta târzie înconjoară cetatea în funcţie de forma terenului, formând un poligon neregulat. Partea de incintă dinspre lac se desfăcea în două laturi unite în unghi. Se presupune că deşi această porţiune de incintă nu a suferit atât de mult de pe urma atacurilor, precum cea de Vest, a fost totuşi distrus pentru exploatarea de piatră după ce la Vadu a fost stabilită o tabie turcească.
Laturile incintei de Nord şi Sud merg aproape în linie dreaptă până la întâlnirea lor cu latura dinspre Vest. Aceasta, cu mici devieri, merge în linie dreaptă, de la Nord la Sud. Zidul acestei laturi trece prin plin oraş, tăind edificii, ale căror ziduri fie le înglobează în el, fie le îmbracă.
Spre deosebire de celelalte laturi, pe care nu se observă niciun turn, pe latura de Vest sunt patru turnuri şi trei bastioane dreptunghiulare, la care se adaugă turnurile de la colţuri, tot de formă dreptunghiulară. Această incintă târzie se compune din material luat din ziduri, clădiri şi monumente mai vechi. Doar câteva dintre pietrele întrebuinţate la construirea incintei târzii au fost lucrate anume în acest scop şi ele sunt realizate dintr-o piatră calcaroasă galbenă, foarte slabă, care se desface în fâşii. La mijlocul laturii de Vest a incintei se află poarta principală a cetăţii, bine fortificată, cu două bastioane în faţă şi alte două în linie cu zidul şi între ele o curte largă. Către colţuri se mai află câte o poartă mai mică.
Descrierea turnurilor, bastioanelor şi curtinelor
Turnul A, păstrat într-o stare precară, are formă patrulateră, cu latura de Vest de 3,25 m., cea de Nord 8m, cea de Est 11 m şi cea de Sud 2,45 m. Zidurile sale, în special cele de Vest şi Sud, au fost distruse în mare parte.
Curtina „a” merge spre Vest în linie dreaptă 67 m., având paramentul foarte distrus.
Turnul B, care termină curtina „a” spre Vest, poate fi interpretat ca un fel de contrafort al acestei curtine. El iese afară numai faţă de această curtină cu 2, 70 m. Faţă de curtina „b” nu are nicio proeminenţă, iar faţa lui de Vest este în perfectă continuare a curtinei.
Curtina „b” continuă până la bastionul C, care o apără spre Sud, şi are o lungime de 16,34 m. La 3,26 m înapoi de la bastionul C se deschide o portiţă secundară largă de 1,10 m.
Bastionul C are o formă care în parte se explică prin deplasarea curtinei B. Acest bastion are formă neregulată, fiind probabil construit mai târziu. Către poarta mică el are o latură de 12.06 m, cea de front are 7,74 m, iar cea de Vest, după 7,61 m face un intrând adânc de 4,60 m şi larg de 3,32 m, apoi iese iar în afară cu 1,55 m şi formează un pinten de 2,50 m până la curtina „c”. Este posibil ca acest pinten, format din două părşţi, astupa astupa o veche poartă, fiind contemporan cu refacerea curtinei „b”.
Curtina „c” este lungă de 22,42 m. Din parament se păstrează două rânduri de blocuri, iar numărul lor creşte până la şapte aproape de turnul D.
Turnul D are formă aproape pătrată , cu laturile de cca 9,40 m. Pe faţa de Nord se păstrează 3 până la 8 rânduri de pietre, pe cea de vest 3 până la 5, iar pe cea de sud 3 până la 7. Blocurile sunt asemănătoare ca material, tehnică şi înălţime, ca cele din curtina „c”, în timp ce câteva excepţii sunt realizate din calcar gălbui şi sunt fasonate mai sumar, sau au alte calităţi (provenind de la diverse monumente).
Curtina „d” măsoară 22,74 m. Paramentul se păstrează pe o înălţime de 3,94 m – 4,10 m de la soclu, cuprinzând între 5 şi 8 rânduri de blocuri. Blocurile, similare cu cele din curtina precedentă, sunt refolosite din monumente mai vechi.
Turnul E are formă dreptunghiulară, cu latura frontului lungă de 12,58 m, iar cele laterale de câte 8,77 m. Înălţimea paramentului este de 4 m lângă curtine şi cca 2,30 spre latura frontului. Analizând materialul de construcţie, s-a presupus că turnul a suferit reparaţii ulterioare, în timp ce curtinele adiacente nu arată semne în acest sens.
Curtina „e” este lungă de 31,84 m şi se leagă cu capătul celălalt al turnului porţii. Lângă turnul E are 6 rânduri treptat, iar pe parcurs ele scad treptat, ajungând la 2 lângă turnul porţii. Sunt indicii conform cărora această curtină, fiind în apropierea imediată a porţii, a fost distrusă în timpul unui atac inamic şi după aceea refăcută.
Curtina „f” se întinde între bastionul interior al porţii principale şi bastionul F. Aceasta este lungă de 28,74 m.
Bastionul F are formă dreptunghiulară, cu laturile adiacente curtinelor de cca 8,80 m (Nord şi Sud), iar cea de front de 12,50 m. Paramentul zidurilor laterale nu se leagă cu curtinele, ci pătrunde în interiorul lor, fapt care sugerează că bastionul nu a fost distrus până jos, şi la refacere, curtinele, deplasându-se în afară, au cuprins în ele o parte din paramentul lateral al bastionului.
Curtina „g” este lungă de 22,90 m. Înălţimea paramentului ajunge în general la 3,80 m, păstrându-se aproape peste tot în jur de 4-6 rânduri de blocuri. Cercetările au scos la iveală indicii că zidul curtinei a fost dărâmat şi refăcut.
Turnul G este cel mai mare turn al cetăţii şi este posibil ca el să fi servit şi ca post de veghe. Zidurile lui laterale sunt lungi de 14,30 m, iar cel de front de 15,33 m. Înălţimea maximă a paramentului pe latura de Nord este de 4,60 m, la mijlocul ei. Către curtină a fost observată o spărtură mare, iar spre front înălţimea scade la 2,66 m. Materialul din care este confecţionat este lucrat cu grijă. În interior, turnul este împărţit în două încăperi printr-un zid în pereţii laterali ai turnului. Zidul, gros de 1,50 m, servea la susţinerea grinzilor platformei turnului, şi poate a acoperişului. Peretele din fundul turnului nu este în linie cu zidul curtinelor adiacente, ci iese în afara lui cu cca 1 m. Este prevăzut cu scară de acces şi cu o intrare specială în turn largă de 2 m.
Curtina „h” are o lungime de 21,86 m. Înălţimea maximă a paramentului păstrat este de 4,30 m lângă turnul mare, cu 8 rânduri de blocuri. Descreşte la mijloc până la 1,70 m, cu 3 rânduri de blocuri, apoi iar creşte lângă bastionul H, până la 4 m, cu 6 rânduri de blocuri. Această curtină nu are legătură nici cu turnul G, nici cu bastionul H, care urmează. Zidurile lor se îmbucă în paramentul curtinei.
Bastionul H are latura de front lungă de 6,11 m, cea de Sud de 3,81 m, iar cea de Nord de 6,07 m. Paramentul bastionului se păstrează pe 3,42 m pe faţa de Nord, 3,50 m pe latura de front şi 3,88 pe cea de Sud. În dreptul acestui bastion zidul îşi schimbă traseul mai spre Vest, iar rolul bastionului este de întărire a colţului făcut de zid.
Curtina „i” are traseul cu 2,26 m mai la Vest faţă de linia zidului de până la ea. Este lungă de 31,90 m, iar paramentul său se păstrează pe o înălţime maximă de 3,50 m, având între 3 şi 6 rânduri de blocuri. A conţinut inscripţii, la fel ca alte părţi ale incintei.
Turnul I are latura de Nord lungă de 11,20 m, iar cea de Sud numai de 7,48 m. Totuşi, laturile sunt egale, căci restul până la 11,20 m din latura de Nord nu aparţine turnului, ci curtinei refăcute în unghi drept şi care înainte mergea oblic spre turn. Înălţimea paramentului pe latura de Nord este de cca 4,50 m. Latura de front, lungă de 13,96 m, este înaltă de 2,76 m şi cuprinde 5 rânduri de blocuri lucrate îngrijit din piatră calcaroasă galbenă. Latura de Sud are ca temelie un zid mai vechi, care vine din cetate pe sub zidul şi latura de sud a turnului I şi merge spre Vest. Turnul nu are deloc legătură cu curtina „k”.
Curtina „k” are o lungime de 23,74 m, iar la cca 4.95 m de la turnul I este întreruptă de o poartă largă de 2,40 m. Paramentul curtinei se păstrează pe o înălţime de 3,60 m.
Turnul K încheie latura de front a incintei, la Sud, fiind un turn de colţ. Acest turn are formă patrulateră. Latura sa de Nord măsoară 6,19 m, cea de Vest are 9,07 m, cea de Sud are 9,10 m, iar cea de Est – 3,80 m. Paramentul se păstrează pe toate laturile pe o înălţime medie de 3 m.
Curtina „l” limitează cetatea spre Sud. Aceasta este lungă de 80 m şi pe toată această lungime nu prezintă turnuri. Acest fapt sugerează că în faţa sa, în vechime, era marea. La cca 10 m depărtare de la turnul K era o mică poartă, largă de cca 1,10 m. Grosimea zidului curtinei la bază este de până la 3,20 m, iar în partea superioară ajunge la 2,60 m. Paramentul zidului se păstrează mai bine lângă turnul K, până la 2,60 m.
Pe latura dinspre lac a cetăţii s-au găsit câteva porţiuni din zidul-incintă. El urma forma terenului şi se presupune că nu avea niciun turn.
În concluzie, se pare că incinta mergea de jur împrejurul promontoriului stâncos al vechii aşezări greceşti, urmând forma terenului, iar numai în partea dinspre uscat în linie dreaptă, trecând peste ruinele unor foste clădiri. Se consideră că prima fază de construcţie a incintei ar fi avut loc în secolul al IV-lea, având caracter net defensiv.

Poarta principală a cetăţii este precedată de o platformă construită din pietriş şi din cărămidă. Această platformă a fost mai târziu acoperită de primul val de pământ, care a fost adăugat în secolul al VI-lea p. Chr. ca un nou obstacol defensiv al cetăţii. În vecinătatea porţii, între cele două turnuri rectangulare care o străjuiesc, terenul a fost nivelat şi consolidat cu lespezi mari de piatră, dintre care unele conţin importante documente epigrafice.
Prin această poartă se pătrundea în curtea interioară, de formă rectangulară, uşor asimetrică, măsurând pe latura de Est 10,70 m, pe latura de Vest 10,30 m, la Nord 7,15 m, iar la sud 7,20 m. Curtea interioară era limitată la Nord şi Sud de două curtine construite cu acelaşi material precum zidul turnurilor.
Întregul sector a suferit o remaniere la puţin timp după construire în scopul întăririi sistemului defensiv al porţii: s-au construit la 7,20 m două turnuri mai mici, în timp ce turnurile mai mari sunt posterioare acestora, modificând astfel conturul curţii interioare a porţii principale. Aceste două noi turnuri de formă rectangulară, măsurând 5,80 x 3,50 m turnul din stânga şi 6,50 x 3,80 m turnul din dreapta, se păstrează în condiţii mai puţin bune decât cele exterioare porţii. Ele sunt construite din material variat şi joacă un rol minor al sistemului defensiv al intrării în cetate.
La 3,80 m spre Est de colţurile acestor două turnuri interioare, alte două ieşituri, asemănătoare celor de la poarta principală, dar mai mici, constituie tocul celei de a doua porţi, largă de 3,20 m, limitată spre Vest de un prag înalt, tăiat de două rigole necesare trecerii vehiculelor. În faţa şi în spatele acestei porţi, urmată de o stradă lungă de 8,50 m, continuă pavajul construit din lespezi neregulate de piatră, spre piaţa mare a oraşului.

Piaţa mare are formă trapezoidală, cu lungimea de 25 m şi lăţimea de 14.50 m şi reprezintă una din marile pieţe ale oraşului Histria în ultima fază a istoriei sale. Trei dintre laturile acestei pieţe sunt limitate de diferite edificii. Se presupune că piaţa a funcţionat în secolele IV-VI p. Chr. Către Sud, această piaţă continuă cu o largă stradă pavată, care traversează pe direcţia Nord-Sud, paralel cu zidul de incintă, întreg cartierul de Vest al oraşului, până la porticul cu coloane. De o parte şi de alta a acestei străzi sunt edificii publice şi private.

În 1963-1964, cu ocazia unor lucrări edilitare care au avut loc într-o zonă situată la circa 100 m Est de incinta romană şi la 300 m vest de incinta romano-bizantină, au fost descoperite ruinele unui edificiu termal important. Acest edificiu a fost săpat pe parcursul anilor 1964 – 1973, cu întreruperi. Acesta a fost construit la finalul secolului I p. Chr. şi începutul secolului al II-lea p. Chr.

La sud de piaţa cu portic se întinde marea clădire a termelor romane, pe o suprafaţă dreptunghiulară de aproximativ 800 m2. Acestea erau plasate chiar la marginea de Sud a oraşului, lângă ţărm. Mai târziu, ele au devenit interioare prin adăugirea la oraş s unei noi suprafeţe câştigate spre Sud asupra apei.
Vasile Pârvan a fost cel care a săpat termele de sub dărâmături, între 1915 şi 1927. După 1927 s-au mai făcut câteva lucrări de finisaj, în urma cărora s-au descoperit mozaicurile şi câteva elemente noi cu privire la camerele cu hipocaust: Acestea au fost descoperite în sondajele din anii 1949- 1952.
Termele au suferit de a lungul timpului 3 refaceri importante care corespund celor trei faze de construcţie constatate în regiunea de Sud a Cetăţii: prima a avut loc la jumătatea secolului al treilea p. Chr., după invazia goţilor din 248 p. Chr., a doua este documentată la începutul secolului al IV-lea p. Chr., iar a treia la sfârşitul secolului al V-lea şi începutul secolului al VI-lea p. Chr.. În primele două refaceri pavajul termenilor s-a ridicat deasupra nivelului iniţial, însă nu cu mult. Abia după a treia refacere nivelul a urcat considerabil.
Termele se sprijină cu partea de Vest pe zidul de incintă. Spre Est, ele sunt limitate de un zid lung de 31, 70 de metri şi gros de 1,10 m. Către Sud, termele nu au nicio limită continuă, ce prezintă intrânduri şi ieşinduri, după necesităţile funcţionării diferitelor piese termale. Edificiul termelor se împarte în două părţi cu funcţionalităţi diferite.
Partea din Nord cuprinde sălile de acces şi de distracţie a publicului, iar cea din Sud cuprinde piesele cu funcţiunea propriu zisă termală, adică: tepidarium, caldarium, frigidarium, şi poate laconicum apodyterium, praefurnia şi gurile canalizării. Partea nordică formează un dreptunghi de 28 x 13,50 m. Aici se aflau loje care erau separate prin arcade, şi se terminau sus cu o boltă în formă de cruce. Aceste loje erau pavate cu mozaic, care s-a păstrat pe alocuri. Mozaicul se compune din pietricele mici, tesserae, de calcar alb, cu bob fin, tăiate într-o formă patrulateră. Acest pavaj a fost interpretat ca fiind anterior reconstrucţiei de după atacul goţilor din 248 p. Chr, aparţinând primei faze de construcţie a termelor.
Partea a doua a termelor, cu funcţie termală propriu-zisă, se compune din patru săli care se înşiruie de la Est la Vest de-a lungul zidului care o separă de cea dintâi descrisă mai sus. Prima sală se află la Est şi funcţiona probabil ca vestiar. Probabil că ea se încălzea prin deschiderea uşii din peretele de Vest care dă acces la o sală prevăzută cu hipocaust. Sala următoare se află spre Vest ce şi adăpostea un cuptor (praefurnium). Este probabil ca în această cameră să fii funcţionat un sistem de încălzire prin care circula căldura pe pereţi şi care în acelaşi timp servea şi pentru tiraj. Sub pavajul său exista un hypocaustum. Mai târziu, când clădirea nu mai avea funcţia de Terme, această cameră a fost despărţită în două. Cea de a treia cameră se află la Vest fata de cea precedenta, şi era prevăzută cu hipocaust şi cu un cuptor propriu. Camera a patra, ultima spre Vest, are formă dreptunghiulară cu absidă la capătul de Vest. Şi această cameră era prevăzută cu hipocaust. Se presupune că şi această cameră a avea un cuptor. O descriere extinsă a camerelor, însoţită de o interpretare a funcţionalităţii fiecărei camere în parte poate fi consultată în volumul Histria I (Emil Condurachi, 1954).
În legătură cu datarea termelor se consideră că ele datează din secolele IV p. Chr. - V p. Chr., dar păstrează şi resturi de ziduri mai vechi, încorporate în zidurile noi. În spatele acestor camere, atunci când funcţionalitatea lor chiar era cea de terme, se aflau fără îndoială construcţii în legătură cu această funcţie: praefurnia, depozite de lemne şi de diferite unelte şi camerele lucrătorilor, care aveau probabil statutul de sclavi. Săpăturile în această parte au fost făcute după 1927. Ele au fost completate prin sondaje în în 1950 şi 1952. În urma cercetărilor s-a ajuns la concluzia că aceste construcţii aparţin fazelor când termele nu mai aveau funcţiune termală. Din faţă anterioară sau găsit doar fragmente de ziduri.

Imediat în spatele zidului de Vest al incintei, dar la un nivel mai jos decât limita la sol a incintei, se disting fragmentele de zid a trei încăperi. Ele erau deja acoperite cu dărâmături, în momentul în care se construia în acest sector incintă. Drept dovadă stă gura de canal, situată chiar deasupra acestui nivel, la 1,05 m mai sus, cât şi temelia zidului de incintă care pătrunde în acest strat de cultură. Prin poziţia lor stratigrafică şi prin materialul din care sunt realizate, aceste ziduri aparţin unor clădiri anterioare dezastrului din 248 şi constituie prima dovadă concretă a prezenţei unui strat prim peste care s-a construit la sfârşitul secolului al III-lea p. Chr. noua cetate. Ceea ce pare a ieşi în chip evident din poziţia stratigrafică ca şi din felul în care sunt construite strada canalul şi încăperile este faptul că avem de a face cu un complex arheologic anterior construirii zidului de incintă. Spre Est de blocurile de margine ale acestei străzi şi până la strada pavată ce duce spre terme se precizează destul de bine limitele a trei încăperi de formă şi dimensiuni inegale. Ele sunt situate la un nivel mai ridicat decât prima stradă şi aparţin unei epoci mult mai târzii, datând probabil în secolele al IV-lea şi al VI-lea p. Chr. Cam toate vestigiile din acest cartier pun probleme de stratigrafie şi implicit de datare. O descriere extinsă a situaţiei poate fi consultată în volumul Histria I (Emil Condurachi, 1954).

Pe partea stângă a străzii care duce la terme se află un monument descris de Emil Condurachi ca având stil basilical, adaptat din cauza necesităţilor sale de funcţionare. Monumentul are trei încăperi dintre care ultima se termină cu absidă semicirculară. Aceste încăperi comunică între ele două uşi interioare. Monumentul comunica cu exteriorul prin două uşi – una în peretele de este şi alta în cel de Nord. Clădirea este asimetrică şi se consideră că ea a suferit modificări de a lungul timpului.
Această construcţie a fost interpretată drept un bazar (tabernae) care era destinat comerţului. Partea din Vest constituia tejgheaua necesară acestui comerţ. Structura acestui monument cuprinde o încăpere de Nord care adăpostea compartimentele unui bazar. Alte două încăperi de la Sud par a fi legate de activităţi comerciale. Prin urmare, acesta a fost interpretat drept un edificiu comercial care cuprindea un officium, un depozit şi un bazar de desfacere.

Piaţa cu portic este pavată cu dale mari de piatra calcaroasă de formă dreptunghiulară. Printre ele se află multe dale de marmură care au fost probabil luate din dărâmăturile edificiilor mai vechi. Ea are o formă patrulateră neregulat. Pe margine a fost descoperită o bordură formată din blocuri reutilizate. Pe această bordură se află baze de coloane in situ. Acest spaţiu a fost interpretat ca o piaţă sub cerul liber, de formă patrulateră şi pavată cu dale de piatră, având pe margini coloane care, împreună cu pereţii clădirilor vecine, formau un portic acoperit. În funcţie de tehnica de construcţie a pietrei sa stabilit că ea a fost construită cândva între finalul secolului al V-lea p. Chr. şi începutul secolului al VI-lea p. Chr.

Unul din cele mai importante edificii de epocă romană de la Histria este basilica eposcopală, care are dimensiuni impresionante şi a fost descoperită în centrul cetăţii. Săpăturile la acest monument au fost începute în 1969-19701 şi reluate din 1984. Alexandru suceveanu a stabilit patru faze de dezvoltare ale basilicii. Totuşi, s-a stabilit faptul că doar primele două faze acoperă existenţa propriu-zisă a basilicii, în timp de pe parcursul fazei a treia monumentul a fost dezafectat.
Basilica este situată într-unul dintre cartierele oraşului, delimitat de străzile A-D, pe un spaţiu de aproximativ 200 m Est-Vest şi 170 m Nord-Sud. Acest monument are în componenţa sa un naos în trei nave, cu un transept la Est şi un narthex la Vest. Naosul are adăugite o serie de anexe importante. Basilica mai conţine un atrium la Vest, cu un coridor-portic şi anexe. O descriere extinsă a cercetărilor, arhitecturii şi un catalog de materiale descoperite pe parcursul săpăturilor acestui important monument basilical pot fi consultate în monografia Histria XIII, dedicată Basilicii episcopale, semnată de Alexandru Suceveanu (2007).

Basilica cu criptă, cunoscută şi sub numele de „Basilica Florescu”, este poziţionată pe latura de est a pieţei mari a oraşului târziu de la Histria, în axul porţii mari, mai precis la circa 50 m distanţă de aceasta. Acest edificiu suprapune numeroase structuri arhitectonice, foarte greu de descifrat în prezent.
Partea de vest a basilicii a fost identificată încă de la începutul anilor 30 de către profesorul Scarlat Lambrino, dar până în 1950 nu a fost cercetată sistematic.
Între anii 1950 şi 1953 profesorul Gr. Florescu a început o cercetare mai amplă a basilicii, ale cărei rezultate au fost publicate în 1954 în primul volum al seriei monografice Histria.
În anul 2002 la iniţiativa profesorului Al. Suceveanu, responsabil al şantierului arheologic, s-a reluat cercetarea acestui monument cu colaborarea arhitectei Irina Băldescu. Noile cercetări şi-au propus restituirea stratigrafiei complete a monumentului şi elaborarea unui proiect de restaurare a singurei, până în prezent, basilici cu criptă de la Histria, precum şi a zonei din proximitate.
Edificiul are dimensiuni relativ modeste (19,60 m lungime şi 12,20 m lărgime), trei nave, absidă semicirculară orientală, narthex necompartimentat şi criptă de altar cu scară de acces pe latura de sud.
Zidurile, conservate în fundaţie şi pe una-două asize în elevaţie, construite în opus incertum, au fost cimentate pe parcursul restaurării, iar în consecinţă observaţiile stratigrafice nu mai sunt posibile. Un număr mare de spolii au fost utilizate în structura zidurilor. Pavimentul original în cărămidă nu se mai conservă decât pe o zonă restrânsă în centrul navei centrale a basilicii. Cu excepţia criptei, nu se păstrează nimic din instalaţiile liturgice ale basilicii.

Acest edificiu a fost descoperit de Vasile Pârvan, care, din pricina primului război mondial, nu a reuşit să publice decât informaţii sumare despre acest monument.
În toamna anului 1917 - arhitectul german J. Iacobs a întreprins săpături clandestine la basilică, după care a publicat câteva informaţii. Cel care a publicat un plan al acestei basilici a fost arhiepiscopul german R. Netzhammer, în cartea sa despre antichităţile creştine din Dobrogea, pe baza planului şi informaţiilor oferite de arhitectul J. Iacobs.
1955-1956 - Cercetările arheologice au fost reluate de Em. Popescu, care a adus corectări planului publicat de R. Netzhammer. Acum au fost descoperite 13 morminte, dintre care 8 în interiorul acesteia, majoritatea aparţinând primei necropole (sec. IV-V p.Chr.).
Cele mai ample cercetări au fost întreprinse, în anii 1961-1964, de către N. Hamparţumian, care a descoperit încă 74 de morminte. Acum a fost precizată existenţa celor două necropole, prima dintre ele fiind anterioară basilicii, cea de-a doua, contemporană
Cercetările arheologice au fost reluate în anul 2001 la monumentul în discuţie, obiectivele urmărite fiind, aşa cum aminteam mai sus, precizarea cronologiei basilicii, precum şi a raporturilor ei cu cele două necropole, cea din secolele IV–V p. Chr., respectiv cea din secolele VI–VII p. Chr.
Acest monument basilical a fost amplasat peste o serie de construcţii anterioare şi are trei abside. Fundaţiile absidelor de nord şi de sud au fost descoperite in situ. Absida sudică a fost parţial distrusă de mormântul 13, atât ea, cât şi mormântul amintit fiind descoperite în timpul săpăturilor făcute de Em. Popescu în 1956.
Absidele laterale de la est sunt înlocuite de ziduri drepte, orientate nord-sud. Basilica are naosul trinavat, fiecare dintre cele trei nave fiind divizată de câte patru rânduri de coloane pe fiecare latură, din care s-au păstrat numai blocurile de calcar folosite drept baze. Zidurile basilicii au fost construite din şist local, fiind legate cu pământ. Probabil într-o a treia fază, corpului central al basilicii i se adaugă cinci anexe: trei pe latura de sud, una spre nord-est şi alta la vest. Posibilitatea existenţei unei alte faze de funcţionare a basilicii este argumentată de adosarea zidurilor anexelor la cele ale navei centrale, precum şi de utilizarea unor spolii provenite din fazele anterioare ale basilicii (inclusiv capiteluri de marmură şi de piatră cu semnul crucii) la construirea acestora.
Este posibil ca prima fază a basilicii să dateze de la sfârşitul secolului al V-lea şi prima parte a secolului al VI-lea. Faza a doua, când se ştie că la marea basilică episcopală din centrul cetăţii anexele se măresc considerabil, datează probabil de la mijlocul şi din a doua jumătate a secolului al VI-lea, în timp ce faza a treia ar putea să dateze din ultimii ani ai secolului al VI-lea şi din primii ani ai celui următor, ultimul mormânt precis databil (M 43) fiind practicat în jurul anului 600 p.Chr.
Este posibil ca în etapa de început basilica să fi deservit cartierul extramuran, iar ulterior, cu ocazia reextinderii celei de-a doua necropole (din secolele VI-VII), aceasta să fi devenind o basilica caemeterialis.