Mănăstirea Agapia a fost ctitorită pentru prima dată de către Petru Rareş sau de Petru Şchiopul. După distrugere a fost refăcută din lemn de două ori. Prima dată la 1680 de doamna Anastasia Duca, apoi la 1820 de către monahiile Eupraxia şi Febronia. În anul 1831 a fost ridicată din piatră cu osânda schimonahiei Sevastia Munteanu şi cu ajutorul mitropolitului Veniamin Costachi. Reparaţii au fost realizate în perioada 1872-1873.

Biserica "Sf.Voievozi" a suferit transformări în anul 1823, cînd faţadele au fost îmbrăcate în sti neoclasic. Pictura interioară în ulei realizată între 1858-1860, este opera lui Nicolae Grigorescu. Biserica, inclusiv pictura, se află în stare precară de conservare. Cladirea a fost restaurată şi consolidată. Pictura este în curs de restaurare.

Paraclisul a fost realizat pe latura de sud, ca o casă de ţară cu un singur nivel de către stareţa Elisabeta, sora mitropolitului Veniamin Costachi şi terminat de către Amfilohia Morţun.

Turnul clopotniţă se află în partea de sud-est a incintei. Acesta are parterul dinn zidărie şi etajul contruit din lemn, cu plan hexagonal. Pe acesta este şi pisania: Această sfântă biserică hramul Schimbarea la faţă, s-a făcut în zilele lui Duca Vodă şi Anastasia Doamna în anul 7188 (1680) luna august 14.

Chiliile din lemn sunt realizate de-a lungul unui pridvor, pe latura de nord.