Pentru un timp, ctitorirea bisericii i-a fost atribuită, fără dovezi, domnitorului Moldovei, Ştefan Răzvan Voievod. Prima biserică în acest loc a fost probabil ridicată de Răsvan probabil un căpitan din timpul lui Matei Basarab, amintit în pomelnicul bisericii. Mai târziu s-a teoretizat faptul că lăcaşul a fost ctitorit în vremea lui Constantin Brâncoveanu. Biserica a fost refăcută în 1706, de Bârcă Cojescu, fost mare logofăt, Vlădaia, mama sa, şi Enache (Ianache) Văcărescu. Pisania care dovedeşte acest lucru a fost descoperită păstrată în nicip, cu faţa în jos, fiind refolosită ca pavaj odată cu refacerea bisericii în secolul al XIX-lea, după ce incendiul de la 23 martie 1847 a distrus turla lăcaşului. Reparaţiile de după incendiu au constat în acoperirea zidurilor cu mortar alb, ceea ce a acoperit vechile podoabe şi arhitectura precedentă. Pridvorul a fost închis cu panouri de zidărie şi au dispărut pisania şi ancadramentul intrării. De asemenea, a fost ridicat nivelul din pridvor cu 1.5m, astfel modificându-se vechea intrare. La jumatatea secolului al XIX-lea, biserica avea nevoie de reparaţii ample, însă datorită administraţiei bisericilor, acestea au început mai tarziu. Pe 8 august 1857, Ministerul Cultelor i-a cerut arhitectului Schlatter să verifice situaţia bisericii, acesta relatând că tencuiala a fost dată jos de pe pereţi. În 1909, Comisiune Monumentelor Istorice l-a delegat pe arhitectul N. Ghika - Budeşti să verifice reparaţiile necesare, însă acest proiect a fost reluat dupa 60 de ani, când a fost restaurat lăcaşul de cult. În urma restaurărilor a fost descoperită pisania, ce a confirmat că biserica de piatră a fost ctitorită de Ianache Văcărescu, precum şi de ceilalţi consemnaţi în pomelnic.

Mormintele de inhumaţie descoperite aparţin perioadei cuprinse între sec. XVI-XVII, afectând în mare parte complexele de locuire din sec. XV şi prima jumătate a sec. XVI. Un mormânt a fost descoperit şi sub temelia bisericii, indicând prezenţa unei biserici mai vechi.

Au fost descoperite în cercetările din anii 1950 urme de locuire din a doua jumătate a secolului XV şi prima jumătate a secolului XVI. În partea de sud-vest a bisericii s-au descoperit rămăşiţele unui cuptor de redus minereul de cupru, distrus în întregime de înhumările din secolele XVI-XVII. În preajma acestui cuptor s-au găsit fragmente ceramice din a doua jumătate a secolului XV. Aşezarea din această perioadă este cea care se întindea de pe malurile Dâmboviţei până în zona străzii Blănari în nord.