În anul 1702, doamna Maria, nepoata lui Antonie Vodă din Popeşti şi soţia domnitorului Constantin Brâncoveanu, a refăcut din piatră o biserică din lemn existentă aici, atestată într-un document din 1665 şi un altul în 1676. La începutul secolului al XIX-lea, biserica a devenit paraclis al curţii domneşti, fiind amplasată în spatele reşedinţei domneşti de pe Podul Mogosoaiei (Calea Victoriei). În 1825, biserica a fost deteriorată în urma unui incendiu, însa a fost refacută în 1826-1827, în timpul lui Grigore Ghica Vodă, timp în care i s-a pus şi pisanie. Până în 1886-1890 biserica era înconjurată de clădiri ce aduceau venituri acesteia, astfel neavând nevoie de subvenţia primăriei, însă după această dată, primaria a luat din terenurile bisericii pentru modernizarea oraşului.

Între 1911-1945, biserica a fost folosită drept loc de închinare pentru comunitatea albaneză din Bucureşti. În 1914 au avut loc lucrari de restaurare a bisericii, însă acestea au modificat caracterul istoric şi artistic al construcţiei, considerate contrare legii pentru conservarea monumentelor istorice. Conform unui referat de pe 12 aprilie 1935, au fost începute lucrări de restaurare, însă fără autorizaţie. În 1942 au fost aprobate lucrări de reparare a bisericii, care a fost afectată în urma cutremurului din 1940. În 1948 au fost realizate lucrari de restaurare, în conformitate cu prevederile Comisiunii Monumentelor Istorice, când s-au consolidat treptele scării spre clopotniţă, a zidăriei, a fost reparată faţada, s-au înlocuit temeliile, au fost curăţate cadrele de piatră de la ferestre şi s-a vopsit întreaga faţadă.

În timpul secolului al XVIII-lea, biserica a aparţinut breslei bărbierilor iar din punct de vedere constructiv, au fost ridicate în 1778 ziduri înconjurătoare şi câteva chilii. Chiliile au fost dărâmate mai târziu, în perioada anilor 1848-1919.

Planul Borroczyn din 1846 figurează în curtea bisericii ,,Dintr-o Zi” trei construcţii, dintre care două sunt vizibile şi în fotografia realizată de Ludwig Angerer în anul 1856 dinspre podul Mogoşoaiei. În afara lăcaşului de cult toate clădirile dispar în ultimul sfert al secolului al XIX-lea, perioadă în care este misşorată prin diverse exproprieri şi parcela bisericii.

În 2006-2007, cercetări arheologice, atât în interiorul bisericii, cât şi în exteriorul ei, au dus la descoperirea unui număr de 84 de morminte cu inventarul funerar aferent şi a unor elemente de zidărie ce aparţineau unei biserici anterioare.