Biserica actuală a fost ridicată, în secolul al XVIII-lea, de către clucerul Dona şi soţia acestuia, Zamfira, în locul unui lăcaş de cult mai vechi din lemn, distrus probabil la mijlocul secolului XVII, la rândul său înlocuind primul lăcaş, tot din lemn, ridicat în secolul XVI. În 1853 biserica a fost restaurată şi învelită cu ajutorul epitropului bisericii, Alexandru Stancu. Până în acel an, biserica a fost acoperită cu şindrilă, iar o pereche de berze au avut cuibul făcut în acel loc, motiv pentru care a ajuns să fie numită "Cuibul cu Barză". Începând cu 1877 au loc noi reparaţii, când a fost zugravită clădirea şi reconstruită turla mare. În 1898 au fost realizate lucrări noi, a fost refacută tencuiala, pictura pe dinăuntru şi pe dinafară, lucrări la care au participat arhitecţii Theodor Dobrescu şi David Pietro, pictura fiind refacută de preotul Vasile Damian. În 1927, biserica a fost din nou restaurată, fiind realizate lucrări de tinichigerie, acoperişul şi turlele au fost învelite cu tablă galvanizată, au fost vopsiţi pereţii turlelor cu vopsea în ulei, s-au reparat şi vopsit trei cruci. În 1940 au fost realizate lucrări de renovare, când a fost refacută tencuiala exterioară. Pe 18 octombrie 1940, Comisiunea Monumentelor Istorice a aprobat noi lucrări de curăţare a picturii bisericii. După cutremurul din 1977, au fost realizate noi reparaţii, cu concursul arhitectului Gheorghe Naumescu, în anii 1980. Odată cu reconfigurarea comunistă a cartierului, biserica este propusă spre demolare şi închisă în 1987. A fost salvată prin translare în 1988, dar cele cinci clădiri aflate în curte au fost demolate. A continuat să rămână închisă până în 1990 când a fost redeschisă, pe 21 noiembrie 1990, şi resfinţită. În 2005, a fost aşezata o cruce de marmură, în locul fostului altar. Biserica a fost restaurată integral între anii 2005 şi 2012.

Cercetările arheologice de salvare din anii 1986 au permis descoperirea contururilor fundaţiilor de piatră de râu a două biserici de lemn datate în secolele XVI‑XVIII.

Până la sfârşitul secolului al XIX‑lea în jurul lăcaşului de cult a existat şi un cimitir, unde erau îngropaţi enoriaşi ai parohiei. O parte din morminte au fost cercetate archeologic şi antropologic.