Odată cu ascensiunea fascismului în Europa şi în România, politicile antisemite devin din ce în ce mai agresive şi începe procesul de excludere a evreilor din societatea românească. În „Şedinţa Consiliului de Cabinet” din 8 octombrie 1940, ţinut de Ion Antonescu, s-a decis desfiinţarea cimitirelor evreieşti din oraşe, implicit şi cel din strada Sevastopol, acuzând o problemă de igienă şi salubritate.
Terenul pe care se afla cimitirul a fost expropriat în 1942 şi mutat gratuit în proprietatea statului. Au fost acordate patru luni pentru a deshuma toate osemintele, lucrările au început în iunie 1942 cu muncitori evrei ce proveneau de la Secţia reeducării profesionale din Centrala Evreilor.
Acţiunea trebuia să se facă în trei etape, ultima fiind plasată în 11 septembrie 1942, însă programul nu este respectat din lipsă de personal şi din cauza că oamenii ce erau implicaţi nu lucrau eficient.
S-a încercat, în prima fază, să se mute mormintele persoanelor de seamă şi salvarea monumentelor funerare (până în mai 1943 au fost transportate 533 d pietre funerare), după care deshumarea celorlalţi. Iniţial s-a constatat că cimitirul avea undeva la aprox. 4000 de morminte, incluzând două gropi comune pentru victimele unor epidemii de ciumă. În rapoarte care acoperă perioada iunie 1942 - mai 1943 se menţiona faptul că au fost deshumate 1058 de morminte. În august 1944 lucrările au fost stopate chiar dacă erau vizibile cel puţin 25 de morminte.

Nu au fost realizate săpături arheologice în zonă.