Biserica este parte a ansamblului arhitectral ecleziastic de la Măgina. Anul 1611 este menţionat ca an de întemeiere a mănăstirii (cu denumirea de parochia) într-o ştire apocrifă publicată în 1835 în primul Şemantism al Blajului Ulterior în 1713 este vândută o cazanie a lui Varlaam din 1643, ce a aparţinut mănăstirii, aspect ce dovedeşte existenţa bisericii dar nu se spune dacă era locuită de călugări ortodocşi sau greco-catolici. Conscripţia din 1750 a vicarului Pavel Aron menţionează parohia unită din Măgina ca având biserică dar nu este amintită mănăstirea.
În perioada 1750-1871 sunt cunoscuţi şi păstrate informaţii despre mai mulţi vieţuitori ai mănăstirii printre care şi Silvestru Calini, canonic şi profesor al Blajului, exilat la mănăstirea Măgina de Atanasie Rednic. După ce biserica-mănăstirea a ajuns în folosinţa comunităţii greco-catolice în jurul anilor 1700-1711, ea s-a aflat în posesiunea greco-catolicilor până în 1948.
În 1848-1849 tribunul Simion Prodan este trimis cu o mică oaste să organizeze un punct de apărare şi sunt atacaţi de nobilimea maghiară, care incendiază mănăstirea. După 1855, mănăstirea este redeschisă.
Pe lângă mănăstire a funcţionat şi o şcoală menţionată prima dată în decretele semnate de Iosif al II-lea din 1784-1785.
După 1948 intră în posesiunea ortodocşilor şi în 1977 este organizată în mod oficial o mănăstire.
Clădirea se compune din altar şi o navă divizată în naos şi pronaos, de formă dreptunghiulară, având în exterior două ieşinduri, pe laturile de nord şi de sud, rezultând o formă de cruce. Altarul este de formă dreptunghiulară, naosul şi pronaosul sunt trapezoidale. Intrarea se făcea pe latura de vest a pronaosului, ancadramentul utilizând două lespezi de factură renascentistă. Masa altarului era din piatră. Săpăturile arheologice desfăşurate în anii 1997-1999 au evidenţiat două etape de construcţie. În prima exista naosul şi altarul; în a doua s-a adăugat pronaosul (diferenţiat şi prin grosimea mai mică a zidurilor faţă de celelalte două încăperi). S-au constatat şi intervenţii intermediare - doi contraforţi construiţi în dreptul altarului şi alţi doi în dreptul naosului.

Zidul de incintă aparţine fostei mănăstiri Măgina. A ajuns să fie distrus aproape total, fiind restaurat în anii 80 ai secolului trecut. Pe baza săpăturilor arheologice din 1997-1999, s-a putut constata că avea o grosime de 0,80 m, permiţând accesul pe latura de N, printr-o poartă cu deschiderea de 3,18 m. A fost restaurat parţial, până la înălţimea de 0,50-0,60 m.