Cercetarea a stabilit forma iniţială a bisericii care unei construcţii de tip navă, cu naosul mai mic decât cel actual, fără turlă şi pridvor, cu intrarea prin latura de sud a pronaosului. Intrare este ornamentată cu arcade de piatră retrase una din cealaltă, amintind de cadrul uşii de la fosta Biserică Franciscană ”Sf. Maria”, care, actualmente, se află la Biserica ”Creţulescu”. Similitudini mai prezintă şi cu portalul intrării la Biserica Mânăstirii ”Stelea''. Stilul gotic în care este ornamentată intrarea în cauză constituie un indiciu în privinţa vechimii monumentului. Biserica mai posedă încă o intrare pe axul longitudinal cu pragul la acelaşi nivel cu al primei pardoseli, fapt care sugerează că nu a funcţionat în prima fază de existenţă a bisericii.
Temelia zidului de incintă îşi are talpa la – 1,70 m de nivelul actual şi este construită din bolovani aruncaţi în mortar; elevaţia din cărămidă ridicată pe aceleaşi dimensiuni ca şi fundaţia, începe de la nivelul de construcţie al monumentului. Prima catapeteazmă nu a fost surprinsă, în schimb, a fost dezvelită masa altarului, din că¬rămidă, de formă pătrată, cu latura de 0,80 m. Fazei iniţiale îi aparţine şi prima pardoseală la – 0,30m de nivelul actual al bisericii, construită din plăci de cărămidă hexagonale, cu dimensiunile de 0,10 x 0,03m, aşezate pe un pat de mortar a cărui grosime variază între 0,02 - 0,03 m.
O nouă fază de construcţie este refacerea realizată după distrugerea parţială a acestuia. Peste dărâmătură se aşterne un strat de nisip, suportul noii pardoseli, din cărămizi dreptunghiulare cu dimensiunile de 0,215 x 0,185 x 0,04 m. Se obţine ridicarea nivelului de călcare al bisericii, cu 0,25 – 0,30 m faţă de prima pardoseală. Tot acum este surprinsă şi o catapeteasmă cu fundaţia din cărămidă, a cărei talpă este cu 0,03 m deasupra primei pardoseli.
Bisericii i se va adăuga şi un pridvor deschis, cu arcade în formă de semicerc, înalte şi înguste, ce se sprijină pe stâlpi circulari din cărămidă. De asemenea, pridvorul are şi o turlă, un element ce pledează pentru încadrarea sa în secolele XVII—XVIII. Datarea nu este una absolută, dar constructiv, adăugând şi faptul că pictura de deasupra intrării pridvorului, reprezentând pe Sf. Ioan Botezătorul (hramul bisericii) este zugrăvită în manieră brâncovenească, constituie elemente pentru încadrarea lui în epoca lui Constantin Brâncoveanu. Ultima fază de construcţie este darâmarea zidului dintre naos şi pronaos, inclusiv a temeliei şi ridicarea altuia nou pentru mărirea spaţiului naosului. Stratigrafic, groapa de demantelare a primului zid dintre naos şi pronaos este contemporană cu construcţia celui de-al doilea, amblele tăind toate straturile până la ultima pardoseală. Tot de acum datează, probabil, şi închiderea uşii laterale.

Matricea stratigrafică a sitului se prezintă după cum urmează (după Diaconescu, 2009): deasupra pământului viu roşcat, la –1m de nivelul actual se află stratul de humus medieval, cafeniu, urmat de un strat de arsură, a cărui grosime variază între 0,04 – 0,06 m., ce conţine fragmente ceramice aparţinînd secolelor XIV – XV, cărbune, pământ ars, o bârnă cu dimensiunile de 0,60 x 0,05 m. Acest nivel este urmat de o lentilă de lut galben, pese care se observă o nouă depunere identică celei de mai sus, de culoare neagră, tot cu multă arsură, cărbune şi fragmente ceramice de secol XV - XVI. De remarcat, că cele două straturi de culoare neagră se unesc, formând unul singur între metrii 3,60 – 4,20 m. Urmează o depunere groasă de 0,04 m de culoare cafenie, nivelată de un strat de pietriş fin, peste care se suprapune o fâşie de lut galben, care conţine urme de pământ ars şi cărbune. După un strat cafeniu cu fragmente ceramice sporadice din secolul XVI, urmează nivelul de construcţie al monumentului reprezentat printr-o dungă de var groasă de 0.01 m, apoi un strat de pământ purtat peste care, la –0,30 m de nivelul actual al bisericii, s-a construit prima pardoseală. Peste pardoseală se află un strat de dărâmătură rezultat din distrugerea parţială, nivelat la rândul lui de un nisip fin care constituie suportul pentru ultima pardoseală.

Ştirile documentare, târzii şi fragmentare, au făcut dificilă o cronologie exactă a monumentului. După tradiţie, biserica esre ctitorie a familiei Greceanu şi a menţionată pentru prima dată abia în 1764, când se arată că biserica din Slobozia domnească din Târgovişte, cu hramul ”Tăierea capului Sf. Ioan” a fost închinată Mitropoliei. Degradându-se, a fost reparată în 1780 de banul lanache Hrisoscoleu, apoi din nou în 1809, dărâmându-se bolta şi tâmpla, de Atanasie Carabulea şi în sfîrşit, în 1860 de clucerul Nichita Formac. După 1900 a fost părăsită până la începerea lucrărilor de restaurare din anul 1973. Există însă o discrepanţă între constatările arheologice şi baza documentară în sensul în care diferitele etape de refacere ale monumentului des¬coperite de săpături sunt mai vechi, ceea ce ridică problema indentităţii acestora cu cele menţionate în documente.

Un nivel aparţinând secolelor XIV-XV, a fost pus in evidenţă inca din timpul cercetărilor întreprinse în anul 1973 însă locuinţa 1 (aşa cum a fost numită ea) a fost investigată prin secţiunea III din 1977. Beciul propriu-zis, adâncit cu 1,75 m faţă de nivelul iniţial de călcare, prezenta o lungime de 8,4 m, un indiciu suficient pentru a presupune o locuinţă de proporţii considerabile. Gârliciul, cu lungimea păstrată de 2,5 m, este primul descoperit care, în loc de pantă continuă, prezintă trepte. Cele patru trepte depistate prezintă o lăţime variabilă, intre 0,30 - 0,70 m. O particularitate, nivelul de călcare exterior fiind pe latura de Sud-Vest cu 0,30 m mai sus faţă de intrarea din partea opusă, constructorul ridica locuinţa parţial pe umplutură artificială. Locuinţa, precum toate cele cercetate şi aparţinând secolelor XIV-XV, sfârşeşte printr-un incendiu puternic. În continutul dărămăturii, afară de carbune, chirpici din structura pereţilor şi fragmente de bârne carbonizate, s-au recuperat câteva cahle-borcan, disc şi ciupercuţe decorative, numai sub forma de fragmente nesmalţuite. Cronologic ea este plasată temporal tot în baza descoperirii numismatice sus amintite, fiind de presupus dispariţia comună a monumentelor şi chiar o legătură funcţională între ele. Descoperirea locuinţei mai are un merit, acela de a confirma existenţa uliţei care dubla pe marginea cornişei terasei înalte a râului Ialomiţa spre est Uliţa Mare, actuala Calea Domnească, de secol XIV, până în prezent fiind singura locuinţă cercetata în afara aliniamentului principal.

Evidenţe arheologice susţin existenţa unui monument ecleziastic, din lemn, de mici dimensiuni, cu două faze evolutive, similar cu alte descoperiri de pe teritoriul oraşului Târgovişte, respectiv la Biserica Sf. Nicolae Geartoglu şi Biserica Roşie, cu cimitir, anterior primei construcţii de zidărie a cărei ctitorire s-a produs la scurt timp de la distrugerea acestuia în urma unui incediu. Astfel, a existat o biserică de lemn incendiată şi refăcută anterior anului 1431. după profilul secţiunii 1/1973 un prim incendiu pare a fi fost parţial, afectând numai jumătatea de vest a edificiului iar biserica din zidărie a fost ridicată pe amplasamentul primei construcţii, imediat sau la scurt timp după anul 1431. Această secvenţă cronologică se bazează pe o descoperire monetară recuperată din naos (S I, C5 – 0,44 m) pe patul patul de lut al pardoselii bisercii de lut, atribuită iniţial, în mod eronat coroanei maghiare, care după studiul numismatului Octavian Iliescu din 1981, s-a dovedit a fi de fapt o monedă poloneză, Albert I, emisă în 1430 – 1431.